Pesantren Al-Hamidiyah didirikan pada 17 Juli 1988 oleh Almaghfurlah K.H. Achmad Sjaichu (1921-1995) untuk mewujudkan keinginan beliau dalam menangani pengembangan dan pelestarian kegiatan pendidikan dan dakwah.

KH. Achmad Sjaichu mengharapkan dunia pesantren bisa menjadi penutup bagi perjalanan panjang kehidupannya, setelah ditinggalkan selama hampir 40 tahun terhitung sejak ia meninggalkan pesantren Al-Hidayat, Lasem Rembang. Dalam kurun waktu selama 40 tahun (1950-1980) KH. Achmad Sjaichu terjun dalam dunia politik dan bergiat dalam Jam'iyah Nahdlatul Ulama (NU). 

KH. Achmad Sjaichu merasakan keprihatinan yang mendalam atas kenyataan makin langkanya ulama dan juru dakwah, baik dari segi kuantitas karena banyaknya ulama yang wafat, maupun segi kualitas karena sistem pendidikan dan pengajaran dalam lembaga pesantren yang masih harus lebih disempurnakan lagi.